На территории Краснозерского района функционируют 28 общеобразовательных учреждений: 2 лицея, 13 средних и 13 основных школ. В рабочем поселке Краснозерское действуют два лицея и одна основная школа. Большая часть школ расположена в сельской местности, что составляет 89%. К категории малокомплектных относятся 19 сельских школ: в каждой из них обучается менее 100 учеников.
Образовательная политика Краснозерского района реализуется в соответствии с национальным проектом «Образование». В федеральном проекте «Современная школа»: по созданию центров естественно – научной и технологической направленности «Точки роста» участвуют 6 школ – МКОУ Зубковская СОШ, МКОУ Колыбельская СОШ, МКОУ Краснозерская ООШ, МКОУ Октябрьская СОШ, МКОУ Орехологовская СОШ, МКОУ Полойская СОШ; в проекте адресной методической помощи «500+» - МКОУ Нижнечеремошинская СОШ, МКОУ Новобаганенская ООШ, МКОУ Половинская СОШ; «Внедрение новой модели методической работы в общеобразовательной организации «Кураторская методика» на основе диагностики социального капитала» - МКОУ Кайгородская ООШ. В федеральном проекте «Поддержка семей, имеющих детей» - МКОУ Краснозерском лицее №1. В федеральном проекте «Цифровая образовательная среда» - МКОУ Краснозерский лицей №1, МКОУ Краснозерский лицей №2 имени Ф.И. Анисичкина. В федеральном проекте «Кадры цифровой экономики» национальной программы «Цифровая экономика Российской Федерации» - МКОУ Колыбельская СОШ, МКОУ Лотошанская ООШ, МКОУ Краснозерский лицей №1, МКОУ Краснозерский лицей №2 имени Ф.И. Анисичкина, МКОУ Краснозерская ООШ, МКОУ Кайгородская ООШ, МКОУ Половинская ООШ. В региональных проектах: «Внедрение электронных форм учебников в образовательный процесс» МКОУ Краснозерский лицей №1, МКОУ Краснозерский лицей №2 имени Ф.И. Анисичкина, МКОУ Веселовская СОШ; апробации образовательных ресурсов по учебному предмету «Информатика» «Яндекс.Учебник» - МКОУ Краснозерский лицей №2 имени Ф.И. Анисичкина. МКОУ Краснозерский лицей №2 имени Ф.И. Анисичкина является ресурсной организацией, реализующей практику инклюзивного образования. МКОУ Колыбельская СОШ является стажировочной площадкой по реализации инклюзивного образования. Данные проекты решают задачу формирования и трансляции передового опыта, достижения нового качества работы школ и доступности образования.
С 2014 года по 2021 год 109 выпускников, получили аттестат о среднем общем образовании с отличием, награждены медалью «За особые успехи в учении». Пять выпускников из Краснозерских средних школ получили 100 баллов на ЕГЭ: 4 – по русскому языку, 1 – по истории.
